(1)無機物污染：
陽離子交換樹脂用鹽酸再生時，銀、鉛等化合物會積累于樹脂顆粒內部；當用硫酸再生時，鈣、鋇等化合物會積聚于樹脂顆粒內部而造成樹脂微孔阻塞。
鐵離子對陰陽樹脂都有污染。
(2) 有機物污染
陰陽樹脂都會受到有機物污染。引起陽樹脂污染的有油脂、 含氮化合物、 調節 PH時用的有機胺類、 微生物細菌等。引起陰樹脂污染的物質有油脂、木質碳酸和腐植酸等高分子有機陰離子以及有機鐵、微生物、細菌和陽樹脂降解后溶出的高分子酸類等。
有機物是高分子有機陰離子，分子量很大，一般凝膠型樹脂孔徑較小，很容易被大分子的有機物堵住孔隙而使其交換容量下降。尤其是強堿陰樹脂，非常容易受有機物污染。
有機物對離子交換樹脂的污染與其含量及有機物的組成有關。有機物含量大的、高分子的易污染。樹脂的結構對污染程度也有很大影響。
(3)硅酸根污染：
強堿陰離子交換樹脂失效后，不及時還原而長期停放或陰離子交換樹脂不能徹底還原均可造成硅酸根污染。膠體硅一般不被凝膠型樹脂交換，但還有一部分被吸附。因此也會使陰樹脂污染。
(4)樹脂的氧化：
對于自來水為水源的電廠除鹽系統樹脂易受
活性氯氧化。樹脂氧化后，其外觀色淡，透明度增加，體積增大，阻力增大，體積交換容量降低。
